水中的氨氮主要來源于生活污水中含氮有機物的初始污染，受微生物作用，可分解成亞硝酸鹽氮，繼續分解，最終成為硝酸鹽氮，完成水的自凈過程。當水中的亞硝酸鹽氮過高，飲用此水將和蛋白質結合形成亞硝胺，是一種強致癌物質。長期飲用對身體極為不利。

  氨氮對環境的危害：在特定條件下，例如發生氧化反應和在微生物活動下，有機氮可能轉化為氨氮，該作用會消耗水中的溶解氧。在氧充足情況下，氨氮又可進一步被硝化細菌氧化成亞硝酸鹽氮和硝酸鹽氮，繼續消耗水中的溶解氧。

  
  地表水體中如果存在較高的氨氮，能對水生生物造成毒害，毒害作用主要是由水中分子氨(NH3)造成的。分子氨對魚類是極毒的，可使魚類產生毒血癥。